imagecopymerge - не подходит, так как всего лиш меняет прозрачность всего изображения.
Ладно, давайте упростим задачу: как вырезать из одного изобрежения друго?
Например есть два черных круга разного диаметра на прозрачном фоне. Надо из большего вычесть меньший, чтоб получилось кольцо.