А что по существу никто ответить не может ?
Вот мои думки в рамках заданной темы. В iptables (и тп) прописать адреса с которых можно пропускать пакеты на порт 3306. Соответственно ты должен знать что это за адреса, они должны быть статичными и ты должен доверять им.