В InnoDB отсутствует специальная оптимизация создания отдельных индексов. Таким образом, этот формат не обеспечивает экспорта и импорта таблиц с последующим созданием индексов. Самый быстрый способ преобразовать таблицу в формат InnoDB - напрямую вставить данные в таблицу InnoDB, воспользовавшись командой ALTER TABLE ... TYPE=INNODB, или создать пустую таблицу InnoDB с такой же структурой и вставить строки при помощи команды INSERT INTO ... SELECT * FROM ....

Чтобы лучше контролировать процесс вставки, большие таблицы желательно вставлять по частям:

INSERT INTO newtable SELECT * FROM oldtable
   WHERE yourkey > something AND yourkey <= somethingelse;

После того, как все данные будут вставлены, таблицы можно будет переименовать.

Во время преобразования больших таблиц необходимо задать достаточно большой размер динамического буфера InnoDB, чтобы снизить количество дисковых операций ввода/вывода. Однако размер буфера не должен превышать 80% физической памяти компьютера. Следует установить большие размеры для файлов журналов InnoDB, а также большой размер буфера журналов.

Убедитесь, что у вас достаточно свободного пространства для табличной области: таблицы InnoDB занимают намного больше места, чем таблицы MyISAM. Если во время выполнения команды ALTER TABLE будет исчерпано свободное дисковое пространство, начнется выполнение отката, и это может занять несколько часов, если диск заполнен. Во время вставок для таблицы InnoDB используется буфер вставки, чтобы произвести объединение вторичных индексных записей с индексными таблицами при помощи групповых операций. Это позволяет значительно снизить интенсивность дисковых операций ввода/вывода. При откате такой механизм не используется, поэтому откат может занять в 30 раз больше времени, чем вставка.

В случае, если началось выполнение отката и база данных не содержит ценной информации, лучше прервать этот процесс и удалить все данные InnoDB, файлы журналов, а также все таблицы InnoDB (файлы с расширением .frm), и начать свою работу сначала, а не ждать завершения выполнения миллионов операций ввода/вывода диска.