DISTINCT преобразовывается к GROUP BY для всех столбцов, для DISTINCT в сочетании с ORDER BY, помимо этого, во многих случаях также требуется временная таблица.

Если LIMIT # указывается совместно с DISTINCT, MySQL остановится, как только найдет # уникальных строк.

Если не все столбцы и не во всех таблицах используются, MySQL прекратит сканирование неиспользуемых таблиц, как только найдет первое совпадение.

SELECT DISTINCT t1.a FROM t1,t2 where t1.a=t2.a;

В случае, если, предположим, таблица t1 используется перед t2 (это проверяется при помощи EXPLAIN), MySQL прекратит чтение в t2 (для каждой отдельной строки из t1), после того как найдет первую строку в t2.