InnoDB автоматически обнаруживает взаимоблокировку транзакций и производит откат транзакции или транзакций для предотвращения взаимоблокировок. Начиная с версии 4.0.5 InnoDB будет пытаться выбрать меньшую транзакцию для отката. Размер транзакции определяется количеством строк, которые должны быть добавлены, обновлены или удалены. До версии 4.0.5 InnoDB всегда откатывал транзакцию, запрос на блокировку которой вызвал возникновение взаимоблокировки, то есть замкнутого цикла в графике ожиданий транзакций.

InnoDB не может обнаружить взаимоблокировку, установленную оператором MySQL LOCK TABLES, или блокировку, установленную отличным от InnoDB обработчиком таблиц. Такие ситуации необходимо исправлять при помощи параметра innodb_lock_wait_timeout, который задается в my.cnf.

Когда InnoDB выполняет полный откат транзакции, все блокировки, установленные транзакцией, снимаются. Тем не менее, если в результате ошибки производится откат только одного оператора SQL, некоторые блокировки, установленные оператором, могут остаться в силе. Это происходит потому, что InnoDB хранит блокировку строк в формате, по которому впоследствии нельзя определить, каким оператором SQL была установлена блокировка.