В MySQL могут поддерживаться различные типы индексов, однако обычно это тип ISAM или MyISAM. Для обоих типов используется индекс B-дерева, так что приблизительно вычислить размер индексного файла можно по формуле (длина ключа+4)/0.67, просуммированной по всем ключам (приведено значение для самого худшего случая, когда все ключи вставлены в порядке сортировки и сжатые ключи отсутствуют).

В индексах строк сжаты пробелы. Если первая часть индекса является строкой, префикс также будет сжат. Сжатие пробелов позволяет уменьшить индексный файл в сравнении со значениями, вычисляемыми по приведенной выше формуле, если столбец строки содержит много пробелов в конце строки или является столбцом VARCHAR, который не всегда используется на полную длину. Сжатие префикса используется с ключами, которые начинаются со строки. Сжатие префикса полезно в случае, если имеется много строк с одинаковыми префиксами.

В таблицах MyISAM можно также сжимать числа в префиксах, указывая при создании таблицы PACK_KEYS=1. Это полезно в случае, когда имеется много целочисленных ключей с одинаковыми префиксами, а числа хранятся с первым старшим байтом.