По выданному запросу может быть получена ошибка следующего вида:

mysql: Out of memory at line 42, 'malloc.c'

mysql: needed 8136 byte (8k), memory in use: 12481367 bytes (12189k)

ERROR 2008: MySQL client ran out of memory

Как видим, в ней есть ссылка на MySQL-клиент mysql. Причина этой ошибки в том, что клиенту просто не хватает памяти для размещения всего результата.

Чтобы устранить данную проблему, сначала проверьте правильность запроса. Действительно ли есть необходимость в том, чтобы запрос возвращал так много строк? Если да, то можно использовать mysql --quick, где для извлечения результирующего множества применяется mysql_use_result(). При этом уменьшается загрузка клиента (но увеличивается загрузка сервера).