Вопросы про Git

StalkerClasses

Новичок
1. Когда есть Git на весь проект сайта знаю. Но возможно ли работать с git когда есть следующая структура?
Сайт/.git
Сайт/плагины/плагин-1/.git
Сайт/плагины/плагин-2/.git
Сайт/плагины/плагин-2/.git

2. Как быть когда загружаю проект на Windows в папку с FTP-хостнига, а на хостинге есть например два файла 1.png и 1.PNG - в Windows это разные файлы. И таких картинок очень много!
 
Сверху