Проблема, которая возникает при запуске пхп скриптов через планировкщик, это то что вылетает окно консоли на экран, но ее можно решить. Надо создать bat или cmd файл и ярлык на него. В параметрах ярлыка можно задать опцию, чтобы программа, на которую ссылается ярлык, запускалась в свернутом виде.