Резюмируя вышесказанное подчеркну то, что говорят здесь умные люди:
1. Необходимо определить место в твоем комплексе, где работа действительно "тормозит". Советую просто прогнать скрипт в дебагере. При 10 минутной задержке ты точно увидишь где то самое узкое место.
Скорее всего тормозит именно обработка PHP, в противном случае неправильно спроектирована структура БД
2. Не делать вещей типа... выборка всех строк и сохранение их в массив, а потом обработка в PHP - он не приспособлен к ворочанию больших объемов данных (в том числе и чисел) - для этого и нужен сервер БД
3. Как можно больше операций засунуть в SQL-запрос
4. Минимизировать кол-во строк/столбцов в ответе SQL - для того чтобы снизить нагрузку на канал между Apache и MySQL - как тебе известно это IPC(сокеты или каналы), передача больших массивов данных через них плохо сказывается на произвидительности
Все остальное, конечно, надо смотреть...
Удачи!
3