Слухи о несовместимости сильно приувеличены. Уже года 2 как все совместимо.
Разница - немного ниже скорость (в синтетических тестах)
Как будет на боевой машине с акселлератором никто не измерял. Опять-же разница может быть в скорости чтения файлов в разных местах файловой системы, ее типе - ReiserFS может оказаться быстрее чем ext2 и т.п.
Плюсы - новые фичи апача (например цепочки фильтров), если они не нужны, то смело ставьте 1.3, тем более что замена не представляет особой сложности...