я работаю примерно над этим же -
http://code.google.com/p/xdebugtoolkit/ 
то, о чем ты говоришь, на первый взгляд похоже на batch-processing cg-файлов. Но процессить их можно по-разному. Поэтому мне бы хотелось, чтобы ты немного подробней рассказал о том, чего бы тебе хотелось получить на выходе, а я подумаю, чем могу тебе помочь.
Лично я планировал сделать это в следующем виде:
1) у нас есть много cg-файлов
2) мы запускаем тулзу-анализатор, которая парсит их и представляет их в виде деревьев вызовов.
3) сначала каждое дерево вызовов агрегируется отдельно (до состояния, которое графически выглядит как
тут )
4) потом эти деревья мержатся между собой, и на выходе получается одно дерево, как если бы эти все cg-файлы были одним вызовом скрипта.
на данный момент не готов только 4й шаг.
PS:
http://phpclub.ru/talk/showthread.php?threadid=110868