На всю диаграмму он не включается.. Включается только на функцию рисовании линии и наверное арки, и там же есть предупреждение о том, что это работает в 8 раз медленней, чем без алиасинга.
Я такую проблему решил таким образом, правда не с помощью GD.. изначально рисовал графики в высоком разрешении, потом с помошью ImageMagick'a уменьшал размер раза в три и получал очень качественную картинку со сглаживанием.