SNI, но пользователи windows xp в пролете (хотя, в firefox-е должно работать и в xp - он, вроде бы, не пользуется системной реализацией ssl).
Если же ограничиться одним сертификатом - один алиас можно задать в subject alternative name сертификата, плюс для субдоменов есть wildcard cerfiticates.