> Почему у некоторых функций Cum и Self стоит прочерк?
Время их выполнения крайне незначительно, оно сравнимо с временем затрачиваемым на само получение времени.
> Чем отличаеться Cum и Self замер?
Cum показывает кумулятивное время. т.е. с учетом всех дочерних вызовов других функций/файлов. Self - чистое время выполнения функции/файла.
> Можно ли настроить Xdebug чтобы он удалял файлы большого размера?
Нет. Удаляй сам.