у меня вообще есть подозрение, что это связано и с такой ошибкой:
временами open_basedir берется от другого сайта. они прописаны в конфиге апача для каждого хоста. и почему-то самовольно, примерно с такой же частотой как и вышеописанная ошибка, вылезает сообщение об open_basedir restriction и путь basedir от другого хоста (закономерности выбора не нашел).