Почему=) Вам JS скрипт (на том же jQuery), нужен будет просто для изменения позиции прогресс бара. (это функция, в которую будете передавать нужное положение progress bar'a).
Далее, вам нужна функция (уже на PHP), которая будет определять положение бара в зависимости от процесса (задачи). Запущена она будет циклически.
В ней вы можете делать что хотите, если у вас не циклический процесс (например, передача данных), то процесс можно разбить на состовные (в зависимости от готовности частей и будет определение progress bar'a).
А через echo вы вызываете JS скрипт, который и будет отражать текущее состояние прогресс бара динамически, именно за счет неявной очистки буфера.
Если вы до сих пор еще не смогли найти решение, вы явно не гуглили. Решений куча. Для вашего - многопоточность точно не нужна (можно было бы реализовать, но это сложновато и не целесообразно для вашего примера).