если PHP-скрипты работают с базой, то они с ней как-то соединяются, а значит где в них можно отыскать пароль того пользователя, под которым они работают с базой.
с точки зрения восстановления рутового доступа к MySQL могу посоветовать заменить именно базу user (файлы user.MYD, user.MYI, user.frm) файлами с сервера, где пароль рута к MySQL известен и, получив доступ к консоли, провести необходимые изменения в пользователях http://dev.mysql.com/doc/refman/4.1/en/default-privileges.html
не уверен, что это лучший совет, но он выполним. Правда, останавливать сервер на время замены все равно придется