Ms, алле! Оп!
Скажи, ты видел как сделано хоть одно "складилище" скриптов? Где нибудь была "возможность" запуска скриптов?
Одно из решений (да, знаю, что это отодвинет запуск "складилища" минимум на два года) -- сжать скрипты каким-нибудь архиватором (удобство, да) + запретить выполнение PHP-скриптов. Ах да, плюс премодерация добавленных скриптов.
Ms, держи сахар!