Получаем список вызываемых функций/констант/классов и т.д.
Через всякие ReflectionFunctionAbstract::getExtensionName получаем нужные расширения по циклу.
Такой статистики, тем более инструмента нет. К примеру, упомянутый GD входит в пакет расширений идущих с самим PHP. Но статистики скачиваний на php.net нет, кроме того не известно, было ли установлено в итоге расширение или нет. Для прочих же пакетов статистику загрузок можно посмотреть в описании либо же сводную тут: http://pecl.php.net/package-stats.php