t43
Многое зависит от того, на хостиг-площадке какого типа находится твой сайт.
Если у тебя виртуальный хостинг и сайт не большой, то на время выполнения обновления можно положить в .htaccess реврайт на заглушку, или поместить заглушку в index.php, которая буде возвращать код 503.
Потом обновлять весь сайт и в конце обновления вернуть правильные htaccess или index.php
Если свой сервер или vds, можешь развернуть новую вервию сайта в соседней директории, а потом переключить виртуальных хост сайта на новый каталог. Словом, на некоторых виртуальных хостингах такое тоже можно провернуть.