а в $template_dir добавляешь этот путь до папки с шаблонами.
P.S. По-моему, разработчики до сих пор не сделали описание Smarty 3 API на офф. сайте. Ещё одна причина признать, что проект немного прогнивает.
P.P.S. Там же, кстати, вроде наследование появилось, так что теперь можно делать layout'ы вместо header'ов с footer'ами: http://www.smarty.net/docs/en/advanced.features.template.inheritance.tpl