Судя по всему человек вообще плохо понимает что такое дерево, а ему сразу "вложенные множества" подсовывают, превосходство которых на большенстве веб-задач весьма сомнительно.
По мойму для начала надо разобраться со структурой "id->parent_id", и если она в какойто задаче будет не устраивать ( мне лично таких задач пока не попадалось ), тогда уж можно разбираться с чем-то еще.