Нет ничего проще! Воспользуйся командой ActionScript'a, повешенной на событие onClick баннера, loadVariables("counter.php","POST"); - или что-то в этом роде
А в PHP скрипте уже увеличивай значение своего счетчика, где там он у тебя записывается. Вот и вся наука.