Вся проблема в том, что пересобрав PHP только с измененной GD типа ----disable-all --with-gd система все равно обращается к модулю Апача libphp5.so, в котором старая gd, а к новой в папке РНР не обращается, а собрать по новой со всеми функциями и --with-apxs не удается, вернее он собирается, но даже если нормально показывает phpinfo, сам РНР работает с ошибками, а при make install в конце резюмирует типа "неправильный файл pear.conf", хотя собирается точно с теми же функциями и путями как и вначале. Непонятность какая-то, причем пересобирая хоть с pear хоть без, хоть удаляя, хоть не удаляя pear.conf, все равно его записывает и выдает свое гнусное резюме. Каждый раз кэш удаляется.