ну что нибудь вроде двух CGI повешанных на разные MIME типы и расширения
<IfModule mod_mime.c>
AddType application/x-httpd-php4 .php4
AddType application/x-httpd-php5 .php5
</IfModule>
ScriptAlias /php4/ "/usr/local/php4/"
Action application/x-httpd-php4 "/php4/php-cgi.exe"
ScriptAlias /php5/ "/usr/local/php5/"
Action application/x-httpd-php5 "/php5/php-cgi.exe"
возможно надо будет добавить Option +ExecCGI
для /usr/local/php4 и /usr/local/php5