ну так ставишь себе WinCVS или TortoiseCVS, делаешь update оно тебе говорит какие файлы изменены, потом делаешь commit, и заливаются только изменные файлы, хочешь - можешь сделать force commit - тогда зальется, все даже неизменное тобой - в этом вся и фишка CVS - контролировать версии - если не сможет слить версии, к примеру, если один и тот же участок вы правили с неколькими девелоперами - то тебе будет предупреждение