> Ведь таблица хранится в виде простых файлов
это справедливо только для таблиц ISAM/MyISAM, а не для СУБД MySQL в целом.
> неужели нет специальной команды скопировать, а надо обязательно делать через непонятно что
CREATE .. SELECT, имхо, очень даже понятно что
С 4.1 есть еще команда CREATE TABLE .. LIKE, которая воспроизводит структуру таблицы вместе с индексами также, но без данных.