Необходимо отредактировать 2 файла:
FCKeditor\editor\filemanager\upload\php\config.php
$Config['Enabled'] = true ;
// Path to uploaded files relative to the document root.
путь к загруженным файлам относительно document root
$Config['UserFilesPath'] = '/upload/' ;
FCKeditor\editor\filemanager\browser\default\connectors\php\config.php
там то-же самое