Навскидку сразу можно сказать про модули, "заточенные" под ту или иную ОСь.
Для win это СОМ-функции, для *х - функции работы с семафорами, общей памятью и т.д. Может и другие специфичные модули есть, но я с ними точно не работал.
Не знаю, есть ли под *х php-cgi.