Redjik, доктрина в принципе работает со схемой из конфига. Сгенерить конфиг на основе имеющихся таблиц тоже можно, но если структура таблиц не удовлетворяет допущениям, принятым в доктрине, что может что-то заработать не так. Поэтому придется сгенеренную схему править ручками и маппить обратно на базу, приводя структуру таблиц в доктрина-френдли состояние. Можно сгенерить миграцию и потом подправлять ее ручками до нужной кондиции.
Я так пару проектов мигрировал. Один с yii, который начинали писать жители земель, пролегающих чуть северо-западнее Крыма - там был в таблицах тихий ужас. Другой с самописной ORM, там попроще все вышло.
Сложность такой задачи будет зависеть от запущенности текущей схемы. Но, если структура бд не будет соответствовать конфигу доктрины, может и не работать. Поэтому придется лечить таблицы.
magnuz, когда я тут задавал подобный вопрос, меня чуть не сожгли на костре. Т.к. "работа от конфига" является для yii чем-то вроде религиозного экстремизма, и фанатики яро его отторгают.
Более-менее адекватную основу для сравнения своего конфига с базой можно найти
здесь. Можно написать некую консольную команду, которая будет парсить твой конфиг, сверять по представленному по ссылке способу со структурой таблиц и генерить запросы для миграции.