Поиск в тексте со ссылками

[GusarByID]

Поиск в тексте со ссылками

Прошу помощи!!!
Имеется очень длинное слово 40 000 и более знаков (цепочка нуклеотидов) выглядит так:

gcatgcctcttatccatttaaaaatagctttactgacctataatttacacactatataattctcccattgaaagtgcataattctgttgcttttagtatatttacagagttgtgcagcatcagcataat
gtaatctagaacattgtcatcaactacccccaaatctctattcttcccttcccctattaattacccagccccaggcaagcactgatctacttttggtctctatggatttgtctatttgtggacactttaaat
ggaatcatacaatatgtgtcttttgcgactatcttctttcacttatcataactcaatacggctttagattatttgacctcgatgttctgcctctgaacataaaatattatccttgcattccttgatgagtttg
aggattgagaataatttgcatgagacaaaaattagaaactagttagagcaagtaggcttttctccatcacataagctgatccatcttgccaatgttaaaacaccagattgtacaagcacaagctg
ggacgcaatgtgtgtccctctatccctacattgactttgcgggggtggggatggggtgcggggtgagtgagggaggactgcaagtgacaaac

Необходимо осуществлять поиск маленькой цепочки (до 50 символов) в этой большой с подсветкой найденной последовательности.
Это не составляет сложности. Проблема в том, что некоторые символы должны иметь ссылки на определенный ресурс.
в XML-файле имеются номера символов в последовательности, которые должны стать линками иногда это отдельные символы,
иногда группы по 2-5 знаков. С помощью substr_replace в цикле вставляются в текст теги ссылок,
но из-за этого текст соответственно меняется:

atttaca<a href.....>cac</a>tatataattctcccatt<a href.....>g</a>aaagtgcataattctgttgcttttag

и найти уже нужную последовательность невозможно если один из ее символов имеет ссылку.

Какое здесь может быть решение?

 

[rotoZOOM]

GusarByID если сразу то на ум приходит strip_tags

-~{}~ 06.05.08 15:16:

После подсветки строки ссылки должны оставаться?

 

[GusarByID]

Должны, в том то и проблема.

Мне кажется я нашел решение:
ссылки - php
поиск - javascript

 

[rotoZOOM]

О, это как?
И вдогонку вопрос, ссылки могут рваться подсветкой?

 

[HEm]

регулярными выражениями можно

 

[AmdY]

хм, а почему сразу не подсветить, а после вставить ссылки
интересно посомтреть как будет выглядеть неправильная вложенность
что за хрень с редактированием поста

 

[rotoZOOM]

AmdY Должна выглядеть так: <a >l < b > ol </b> </ a ><b>lol</b>
Вот только как это регулярками все учесть. HEm наверно подскажет.

 

[GusarByID]

О, это как?

http://script.emanual.ru/?a=21&i=1078

С помощью таких вставок может получиться так
attt<span class..>aca<a href.....>c</span>ac</a>tatataattctcccatt

или наоборот

 

[rotoZOOM]

GusarByID Алгоритм то простой, если делать все на PHP. Если надо могу набросать. Но вот мне все же интересно именно регулярками.

 

[AmdY]

я думаю html это переварит, хотя можно и починить.
у меня что-то Opera 9.50b2 заглючила, редактировал пост, а после редиректа ничего не менялось это пока первый глюк.

 

[rotoZOOM]

я думаю html это переварит

Не факт, что это будет правильно, да и валидаторы запищат.

 

[AmdY]

но починить не проблема, ищем <span>text<a> - меняем на <span>text</span><a><span> и т.д. хотя коравенько получается

 

[HEm]

извини, конкретно не подскажу, сам в регулярках не силен

уверен, что можно и уверен, что составить нужную регулярку будет крайне тяжело (как с ними обычно и бывает)

 

[AmdY]

вот пример как ремонтировать

$test = "ttt<span>XXX<a href.....>Y</span>Z</a>ttt";
$test = preg_replace_callback('~<span>(.*)</span>~', "myfunction", $test);
function myfunction($match) {
return "<span>".preg_replace('(<a.*>)', "</span><a$1><span>", $match[1]) . "</span>";
}
echo htmlspecialchars($test);

 

[rotoZOOM]

Вообщем то, что приходит в голову следующий алгоритм:
На входе имеем:
- строку безо всяких тэгов;
- массив ссылок с указанием, где какие ссылки стоят (номер первого и последнего символа);
- Начало и конец подсвечиваемой строки.

Идем слева направо обрабатывая по одному символу.

// == $s - исходная строка
// == $d - результируюшая
$fl=false;
for ($i=0;$i<strlen($s);$i++){
    if (/* перед $i символом закрывается подсветка */){
        $d.="</b>";
        $fl=false;
    }
    if (/* перед $i символом заканчивается очередная ссылка*/){
        if ($fl)$d.="</b>";
        $d.="</a>";
        if ($fl)$d.="<b>";
    }
    if (/* перед $i символом начинается очередная ссылка*/){
        if ($fl)$d.="</b>";
        $d.="<a href>";
        if ($fl)$d.="<b>";
    }
    if (/* перед $i символом начинается выделенка */){
        $d.="<b>";
        $fl=true;
    }
}
if ($fl)$d.="</b>";
if (/* осталась открытая ссылка */)$d.="</a>";

Примерно так.