Когдато использовал Komodo, тот что платный очень хороший и специально под пер делался. Для виндовз очень хорошая штука в комплект к Active Perl.
А сам использую Eclipse + SubClipse модуля для поддержки перла, там если включить Perl Nature вполне нормально происходит дебаг прямо на лету написания скрипта, если используеш незаиниченый модуль, функцию или переменную сразу скажет.