max_allowed_packet = ?
— в настройках MySQL, ну и размеры буферов тоже сравните.
P.S. Самое главное-то!
max_execution_time = ?
Ну и, нужно понимать, что max_execution_time, max_input_time могут одинаковыми быть, но на незагруженной машине скрипт успеет отработать за отпущенное время, а на загруженной может и не успеть.