Я объясню.
В htaccess можно делать очень мало что, у него автоматически подразумеваемый контекст Directory, соответствующий его нахождению. И изначально этот файл задуман только для простейших вещей, таких, как установка прав доступа к директории (отттуда слово access в названии).
Нормальные директивы там использовать почти нельзя, но вышло так, что можно использовать директивы Rewrite-модуля. Этим начали пользоваться на shared-хостингах, чтобы конфигурировать все, что попало. Слышали про архитектуртную концепцию "костыль"? Вот оно самое и есть. Ужас в том, что вместо нормальных, читаемых директив приходится выдумывать навороты на регулярных выражениях, с инвертированной логикой, которые сложно читать, с птичьим языком, напоминающим шутки типа языка brainfuck, они в сто раз сложнее нормальной конфигурации для восприятия, но люди настолько по опыту shared-ов к этому привыкли, что продолжают использовать этот ужас вместо того, чтобы прописать нормальную конфигурацию в httpd.conf своего сервера.
Если вы почему-то до сих используете shared-хостинг, то в его панели управления должны быть средства задать необходимые вам редиректы для разных доменов, или, как минимум, раскидать разные домены по разным подкаталогам. Если же все настолько запущено, что это единственный способ - можно включить отладку реврайтов, уж логи вебсервера-то вам должны быть доступны в какой-нибудь папочке logs, и отлаживать это все - так же, как программу. Конкретным советом вряд ли помогу, живого апача я не видел уже 10 лет, пишу по памяти со времен apache 1.3.
