[Gisma]
Все давно уже индексируют все подряд, другое дело, как с этими данными обращаются. Следует понимать, что достоверной информации по поведению поисковых систем нет и быть не может, все приобретается опытом оптимизации.
1. Насколько я понимаю страницы с URL вида http://../script.html?x=1&y=2 и http://../script.html?y=2&x=1 будет считаться разными, сомневаюсь, что робот поисковика будет проводить анализ на совпадение запросов с точностью до порядка следования параметров.
Контент у них будет одинаковый, и это может повлиять на вес каждой страницы в результатах поиска - но это отдельный разговор по поисковой оптимизации.
Тут я считаю играет роль четкая дисциплина, а использование mod_rewrite заставляет генерировать ссылки единообразно.
2. Возможно Google придает больший вес странице если слова из запроса встречаются в URL. Так-же он придает больший вес страницам не содержащим ? и &.
По моему убеждению ЧПУ не особо важны, а больше важны корректные заголовки формируемых страниц, т.е. Last-Modified и корректная обработка условного запроса (If-Modified-Since). Яндекс берет за один заход не более 300 документов с кодом 200, и если не обрабатывать GET с If-Modified-Since то сайт больше 300 страниц будет очень медленно индексироваться, т.к. яндекс будет переиндексировать неизменившиеся страницы.