могу сильно ошибаться но
DNS там как и все прочее вроде в active directory лежит
а доступ к Active Directory можно попробовать прикрутить через ldap
если есть CLI утилиты по работе с DNS под w2k, то проще их через SSH использовать под w2k3 ssh сервеные консоли вроде как есть