Тут не про сохранение каких-то абстрактных ваттов или циклов говорят, а про конкретные лаги, в которые ты можешь упереться носом при слишком большом количестве файлов. Даже если это будет только в случае ручного обслуживания по FTP или в консоли.
Можно перестраховаться и заложить разбиение на папки. А можно [потом] написать в инструкции, что данный продукт стабильно работает только на ext8 или на SupereiserFS (и мудак-нищеброд, кто их еще не поставил). Что будет безупречнее?