Преимущества ISAPI - в скорости выполнения операций. Программа загружается всего один раз и остается в памяти до тех пор, пока ее не выгрузят насильно или пока не остановят Web-сервер. Поэтому ISAPI-dll работает быстрее, чем обычная CGI-программа (которая должна всякий раз загружаться и выгружаться) или скрипт (который сначала должен загружаться, потом обрабатываться интерпретатором, которому тоже нужно время загрузиться).