Да, врятли кого-то устраивает инструментарий, не видел ещё ничего приближенного к нормальному.
Мы работаем через ibm jazz, это хороший и удобный треккер, помимо фич и дефектов поддержка и перелинковка саг, эпиков, стори и чейнджей. В итоге получается всё равно каша, пол дня приходится искать где прописанны права доступа на конкретный модуль для конкретной роли. Часто забывается перелинковка, либо работаешь со стори, хотя уже есть чейндж на неё.
Вики на большом проекте тоже превращается в помойку, даже настройка почти и джабера по ней занимает время, так как куча юскейсов для разного набора софта.
Документирование API вовсе мёртвая тема и толку от неё мало, лучшая документация - юнит тесты, но их поддержка с учётом кучи версий тоже тот ещё геморой.
Вобщем, ничего действительно хорошего я для документирования я не встречал.