Все зависит от условий и целей. Если это ты хочешь проделать на хостинге, это одно. Если на своем тестовом сервере - это, возможно, другое.
Варианты следующие:
1) Два апача (как сказал Alexandre), но это не всегда удобно
2) Все как CGI
3) Модуль апача и CGI
4) варианты с разными веб-серверами, но это ближе к 1)
Проблема в том, что если ты используешь php как модуль, то не сможешь одновременно работать с двумя модулями (кроме хаков под винду).
Использование как CGI/FastCGI немного гемморней в первоначальной настройке, однако позволяет тебе для одного виртуал-хоста иметь одну PHP, для другого - другую и т.п. Также это тебе может помочь на shared-хостинге (типа masterhostа) просто собрать свою php и воспользоваться ей, когда у провайдера mod php4.
P.S. Адекватное описание настройки варианта с CGI видел в книжке Upgrade to PHP 5.