REMO
Есть такая штука -
at (это "ещё вариант")
добавляет разовые задания для cron, но конкретно ничего не знаю, ищите.
Похоже всё же можно через system() вызвать crontab так, чтобы он не редактор вызывал дефолтный, а копировал готовый файл, который предварительно нужно создать скриптом.
Вот
здесь , есть пример, но только там из Perl вызывается, так что по аналогии.
P.S. Я так понимаю Вы далеко "не рут", возможно по этой причине вся затея может провалиться.