Вы используете устаревший браузер. Этот и другие сайты могут отображаться в нём некорректно. Вам необходимо обновить браузер или попробовать использовать другой.
Если речь идёт о Zend'е, то разницы никакой. Просто подключаешь в проект только те файлы, который тебе нужно зашифровать и всё... Затем заменяешь оригинальные файлы кодированными.