При передаче клиенту сохраняешь в сессии максимальный ID, Потом проверяешь по этому ID, если есть записи, то выводишь только их и снова сохраняешь максимальный ID……
Lol ) В сессию писать не надо. Надо сохранять id последнего полученного сообщения в переменной яваскрипта, и передавать каждый раз в запросе. Чтоб например после F5 не терялись сообщения.