Вообще не паримся по согласованию наименования классов и расположения на диске. Тупо держим кеш с мапингом класс-файл, который обновляем при добавлении новых классов, что бывает не часто.
А pear практика все же не практика программирования - там другие вполне прозрачные цели - не создавать мешанину модулей разных разработчиков.