Формы в pdf это отдельный вопрос, они и задуманы для заполнения. Это в формате совершенно отдельная и специальная конструкция.
Надо смотреть как с ними работать, open source pdf viewer-ов, умеющих заполнять формы, полно. Но только вопрос, возможно ли в этих viewer-ах после такого заполнения получить другой, заполненный pdf, методом отличным от "напечатать".
А просто "отредактировать pdf" это задача мало решаемая - см.
http://habrahabr.ru/company/abbyy/blog/108459/