ну например в настройках будет домен сайта, пути всевозможные, и прочее. Что в какой функции понадобиться сразу не понятно, пожэтому все это заносится в массив и в начале каждой функции пишется global $config_array; что бы не тоскать туда-сюда массив.
Хотя такие вещи лучше в константы пихать.