Из мануала по COM открываем файл следующим образом:
$exapp = new COM("Excel.application") or Die ("Did not connect");
$wkb=$exapp->Workbooks->open("c:\файл.xls");
$exapp->Application->Visible = 1;
$sheets = $wkb->Worksheets(1);
$sheets->activate;
...
выполняем различные действия
с файлом
...
$wkb->SaveAs(???????);