обычно так не делают. Статичный хтмл хорош нативной поддержкой Last-Update, If-modify-since. Ты этого уже лишился.
Если все таки хочешь продолжать нестандартно работать, то
выверни типовые правила движка
Если это не папка
Если это не файл
Тут вместо роутера переправить на 404.html [правило последнее, код возврата 404]
писать в инструкциях htaccess не буду , чтобы тот кто захотел сие использоваться все таки задумался, а не копипастил
ну а раз вопрос в теме програмирование на пхп,
то можно прописать автоинклюд пхп файла ко всем вызовам
в котором проверять соответствие ури и откуда он вызван и выдать 404 программно