http://www.analog.cx/ - это правда не столько система статистики, сколько анализатор логов.
http://www.cnstats.com/ - это именно статистика на php/mysql, много неплохих фич, правда код "зашифрован" самодельной их программкой, так что если что исправить под себя - надо расшифровывать. И в бесплатной версии не все есть (платная однако дешевая).